HSV主要經(jīng)過(guò)皮膚、粘膜或破損處進(jìn)入人體內(nèi)，首先在表皮或真皮細(xì)胞內(nèi)復(fù)制。不論有無(wú)臨床癥狀，病毒在局部充分復(fù)制后感染感覺(jué)神經(jīng)或自主神經(jīng)未稍。病毒沿神經(jīng)軸索進(jìn)入神經(jīng)節(jié)內(nèi)的神經(jīng)細(xì)胞中。動(dòng)物實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)，從皮膚粘膜接種HSV到神經(jīng)節(jié)內(nèi)的神經(jīng)細(xì)胞發(fā)現(xiàn)病毒，大約2天時(shí)間，可見(jiàn)其感染速度相當(dāng)快。
HSV-1通常由呼吸道、消化道及皮膚粘膜密切接觸感染。所以HSV-1常潛伏在三叉神經(jīng)根和頸上神經(jīng)節(jié)內(nèi)。故臨床所見(jiàn)主要是顏面部位的皰疹，HSV-2主要因性行為傳播，生殖器接觸而感染，所以HSV-2則常潛伏在骶神經(jīng)節(jié)內(nèi)，故臨床主要表現(xiàn)為生殖器皰疹?；颊哐鍖W(xué)均為陽(yáng)性，可終生有泌尿生殖道HSV間歇性活動(dòng)。
感染最初階段，病毒先在神經(jīng)節(jié)及與之相接觸的神經(jīng)組織內(nèi)復(fù)制，然后通過(guò)感覺(jué)神經(jīng)到達(dá)其未稍而使與之相關(guān)的皮膚、粘膜表面發(fā)生皮損。病毒從外周感覺(jué)神經(jīng)擴(kuò)散到皮膚、粘膜，這一情況，可以解釋表皮大面積受感染和遠(yuǎn)離原發(fā)部位新病損發(fā)生的原因。原發(fā)性HSV感染病人常有這些特點(diǎn)，而且從遠(yuǎn)離接種部位的神經(jīng)組織中發(fā)現(xiàn)病毒。初次發(fā)病臨床癥狀消退后，在神經(jīng)內(nèi)不再分離到感染性病毒。在細(xì)胞表面也檢不出病毒蛋白。各種刺激因素，如免疫抑制、勞累、感染、精神創(chuàng)傷以及皮膚神經(jīng)節(jié)創(chuàng)傷等都可引起病毒復(fù)活。
原發(fā)感染緩解后，神經(jīng)節(jié)中找不到感染的病毒和病毒結(jié)構(gòu)蛋白，潛伏感染神經(jīng)細(xì)胞中的病毒基因組和顯性感染不同，前者HSV的DNA是環(huán)狀的，在潛伏感染的小鼠神經(jīng)細(xì)胞核內(nèi)和人的三叉神經(jīng)節(jié)中檢出的RNA轉(zhuǎn)錄物中可與編碼早期基因ICPO的區(qū)域雜交，此RNA是編碼ICPO的DNA互補(bǔ)鏈轉(zhuǎn)錄來(lái)的。此“反義”RNA可能參與維持神經(jīng)內(nèi)潛伏感染但不參與建立潛伏感染，維持潛伏感染的機(jī)制不清楚，似乎潛伏感染的細(xì)胞僅有HSV蛋白質(zhì)的部分轉(zhuǎn)錄。